Филиал надо ставить на учет во внебюдженые фонды только в тех случаях, если всю отчетность, все налоги,отчисления, взносы Филиал будет уплачивать сам за себя самостоятельно. Соответственно, если за Филиал все налоги и сборы будет уплачивать ООО Филиала, то ему вставать на учет не надо.