В законе четко не определено, кто должен оплачивать государственную пошлину. Может Арендатор, может Арендодатель, можете в пополам скинуться и прочие варианты. Можно одним п/п, можно двумя... Хотя, как практика показывает, большинство оплачивает Арендодатель... Есть еще один нюанс, в разных приемных (г. Москва) оплату трактуют по разному, кто говорит, что д.б. оплата от Арендатора и так далее...
У нас обязательства по оплате регистрации договора, его изменений возложены на Арендатора, о чем прописано отдельным пунктом в договоре. На это можно сослаться, если попадается такой "специалист", как я уже указал выше, а не доказывать ему на пальцах.