Если организация оказывает услуги или выполняет работы по договорам, которые закрываются только одним актом (например, проектные работы), то можно не заморачиваться с нумерацией актов. Так, как правило, и поступают. Тем боле, что типовая конфигурация 1С не предусматривает нумерацию актов в разрезе договоров, а выдает сплошную по всем.
Если же услуги/ работы периодические с регулярностью, скажем, в 1 месяц, то лучше делать нумерацию в разрезе договоров. Например, организация занимается обслуживанием систем видеонаблюдения. Есть два заказчика, с которыми заключены договоры сроком на 1 год. Тогда нумерация может быть следующая: за январь - 1/1 и 1/2, где первая цифра означает номер акта в текущем году, а вторая номер договора. Тогда будет легко по акту ориентироваться и за какой месяц и по какому договору, ведь с одной и той же организацией может быть несколько аналогичных договоров.