На самом деле тут два варианта решения проблемы:
1й вариант - простой, но с изъянами.
- вы ранее написали что вам недостаточно голосов для смены директора. Если это единственное, что вас останавливало от смены ГД, то этот момент на самом деле можно проигнорировать. Примите решение о смене ГД вашими 51% голосов, хоть даже их и не достаточно по Уставу (главное, что достаточно по закону). Зарегистрируйте в ФНС вашего нового ГД (они не проверяют решение на соответствие количество голосов, да и сам протокол о назначении вы можете даже не прикладывать).
Соответственно, после регистрации нового ГД, подайте ему ваше заявление на выход и уже с отметкой ГД о получения вашего заявление, регистрируйте свой выход в ЕГРЮЛ.
Даже если предположить, что кто-то потом оспорит назначение нового ГД недостаточным количеством голосов, это не приведет к недействительности факт приема от вас заявления о выходе.
Но у этого варианта все равно остается один очень существенный недостаток: надо найти человека, который согласится стать директором такой брошенной фирмы, только для того чтобы получить ваше заявление о выходе. Ведь потом ему самого себя будет никак не убрать из ЕГРЮЛ.
2й вариант - судебный и непредсказуемый
1. получите из ФНС актуальную выписку из ЕГРЮЛ и копию Устава этого "потерявшегося" ООО.
2. отправьте почтой с уведомлением о вручении (если этого еще не делали) заявления о выходе: на юридический и фактический адрес ООО, а также на адрес прописки (и иной известный вам адрес) "пропавшего" Ген.директора.
3. отправьте таким же образом второму участнику уведомление о созыве собрания: 1. для смены директора 2. для внесения изменений в устав (позволяющих вам менять директора вашим количеством голосов) 3. о ликвидации общества.
4. потом подаете в ФНС 14001 о своем выходе с приложением почтовой квитанции уведомления (даже с отметкой о неполучении) и ждете отказа (тут, кстати, может случится так, что ФНС вам все зарегистрирует... с них станется)
5. получив подтверждения с почты, что никто не откликается и получив отказ из ФНС, напишите жалобу в прокуратуру на скрывшегося директора по п.2 ст.14.12 КоАП и ст.201 УК РФ - это может очень быстро отрезвить "потеряшек".
6. ну и независимо от предлагаемого мною п.5 можете обращаться в суд: попробуйте оспорить отказ ФНС, а если не получится, то действуйте в рамках главы 27 АПК - чтобы с учетом возникшей ситуации установили факт вашего выхода из состава участников и обязали на основании данного факта зарегистрировать данные изменения ФНС.