Алексей1976, давайте попробуем разобраться.
Для начала скажите, что написано в должностных инструкциях главного бухгалтера (кому переходят обязанности на время его отсутствия) и генерального директора (принимает ли он обязанности главного бухгалтера на время его отсутствия)?
Если на время отсутствия главного бухгалтера его права и обязанности переходят генеральному директору, а тот в свою очередь принимает их (по должностной инструкции), то даже приказ о возложении обязанностей главбух на себя - малюсенькая формальность (в приказ я бы добавила фразу "в соответствии с п. таким-то должностной инструкции обязанности главбух принимаю на себя"). В этом случае ничего не надо: ни доп. соглашений, ни доплат, ибо переход обязанностей уже оговорен и включен в зарплату.
По большому счету ничего не мешает "подправить" имеющиеся инструкции, дабы не усложнять себе жизнь.
Я так полагаю, что в любом другом вариант будет фигурировать доплата.
Ведь новые обязанности возлагаются позже, а значит изменяются и условия работы, а здесь уже надо бы и доплатить.
Если это не вариант, то...
... не забывайте о разнице между совмещением должностей и совместительством (в вашем случае внутренним).
P.S.: ни разу не юрист... надеюсь поправят, если заблуждаюсь.