В Вашем случае, если ФОТ составляет 25000, Вы примените стандартный вычет в размере 400 рублей только один раз в году , допустим в январе , а за февраль ФОТ сотрудника составит нарастающим итогом 25000+25000=50000, т.е. превысило 40000 ,таким образом в феврале уже стандартный вычет не применяется .
Таким образом в январе сотрудник получает на руки : 25000-(25000-400)*13%=21802
В феврале и последующих месяцах : 25000- 25000*13% =21750
И не забывайте про страховые взносы , исчисляемые с ФОТ ежемесячно .