Да, правильно спросили о том, когда вы узнали о переплате! Если актов сверки и иных документов, подтверждающих наличие переплаты, с 2003 года не было, то можно говорить о том, что о переплате вы узнали с момента предоставления налоговой такого документа и с даты предоставления этого документа отсчитывать три года. В определении Конституционного суда от 21.06.2001 №173-О говорится, что в случае пропуска, установленного ст. 78 НК РФ, налогоплательщик может обратиться в суд с иском о возврате переплаченной суммы в течение трех лет с момента, когда лицо узнало или должно было узнать о возникновении переплаты (см. письмо Минфина от 08.08.2007 №03-03-06/2/150 и от 01.06.2009 №03-02-07/1-281).
Согласно Постановлению Президиума ВАС РФ от 13.04.2010 №17372/09 день подписания акта сверки признается моментом, с которого налогоплательщику стало известно о переплате, ФАС МО от 26.03.2009 по делу №А40-47793/08-115-173, от 13.02.2009 по делу №А40-5284/08-126-22, от 25.08.2008 № А40-7967/08-116-21 и др.
Не стоит недооценивать сторону противника и для этого нужно еще основания постараться найти. Практики много разной всякой.
Кстати, трехлетний срок на подачу заявления о возврате суммы излишне уплаченного налога был установлен с момента принятия части первой НК РФ (см. п. 8 ст. 78 НК РФ).