Не сдача отчетности в налоговую не препятствует ликвидации, если у налоговой нет оснований полагать что в это время у фирмы велась деятельность.
Для того чтобы закончить ликвидацию вам понадобится подтверждение представления сведений персонифицированного учета в пенсионный фонд. Налоговая направит запрос, пенсионный на него ответит. Если у вас что-то не сдано, то ответ будет что сведения не представлены, хотя это будет и не законно, но пенсионному на это пофиг. И как следствие налоговая даст отказ по последнему этапу ликвидации. Так что в пенсионный стоит сходить и разобраться вся ли отчетность им сдана.