Примерно так же, как и фирма: подается заявка в соответствующий орган - Роспатент. Только в отличии от фирмы здесь проверяют на сходство, поэтому логотип не должен быть похож на уже существующие зарегистрированные. Поэтому рекомендуется провести вначале поиск по уже зарегистрированным знакам, поданным заявкам, чтобы сюрприза неприятного - отказа - не было. Да и пошлины побольше, поэтому рисковать стоит гораздо дороже. Срок больше, поэтому все дольше.
С удовольствием помогу, как уже помог многим с форума.