ДТ 91,02 субсчет "штрафы,пени,неустойки" КТ 68 по тому налогу,по какому не сдана декларация(например 68,12 -ЕН по УСН),выбрать субсчет " штрафы".Указать сумму.
По повторному снятию самой ИФНС:
1.заказать акт сверки по налогу,по которому несвоевременно сдали декларацию.
2.на основании акта сверки,в котором эта сумма должна выплыть на переплаты,написать и подать в ИФНС заявление о ЗАЧЕТЕ с штрафных санкций на сам налог.Либо нужно подать заявление о ВОЗВРАТЕ излишне перечисленной суммы штрафа.
Заявление составляется в 2-х экз-х,к одному прикладывается акт сверки и отдается ИФНС,на втором экземпляре ИФНС должна поставить штамп о получении.
Через некоторое время выяснить судьбу этого заявления.
Либо вместо акта сверки к заявлению приложить заверенные банком копии п\поручения (по которому вы сами заплатили)и заверенную копию п/требования(по которому с вас сняли).
на время выяснения можно сделать такую проводку
ДТ76 прочие контрагенты КТ 68