конечно нужно зарегить акции в ФСФР если они не были зарегены. В принципе сейчас это возможно, но по вашим докам для данного старого об-ва все что угодно может оказаться и могут появиться доп. выпуски которые может и нельзя будет зарегить.
Насчет реестра акционеров более менее нормального, то это совершенно отдельная работенка со своими конкретными особенностями