Зарегистрируют, 99%.
Хотя как-то видел клиентский отказ, по регистрации ООО с ед участием другого ООО, состоящим из одного участника (все лица российские).
Возможно это был как раз формальный отказ, но на законных основаниях.
И в сети проскакивала информация о попытках по линии рег органа признать регистрацию недействительной, по причине наличия в момент регистрации неустрнимых препятствий. Но это все скорее единичные и заказные случаи.
Здесь в другом проблема.
Вы все сделаете, а потом придут аудиторы, которые так накрутят клиента, что мало не покажется. И будут правы, посколько вопрос открыт. Поэтому мы в таких случаях берем расписку от клиента на будущие подобные риски.