А увольнять как хотели - по собственному, по инициативе работодателя за что-нибудь, или по соглашению сторон?
Если по собственному и он после заявления месяц отработал - можно было больничный не платить, он ничего бы не доказал. Теперь считается, что если ему платили больничный - он не был уволен. Увольнять надо заново.
Лучший способ - по соглашению сторон (сочинить не долго и претензий никогда не будет). Если гена на это не пойдет - учредитель может уволить его в любой момент без объяснения причин и назначить другого (если иное не предусмотрено контрактом). При этом навесить на него еще какой-нибудь "полной материальной ответственности за убытки" (ст.25 закона о ГМУПах, ст.277 ТК РФ).
При увольнении по п.2 ст. 278 ТК РФ гене придется выплатить 3 средних зарплаты, если он ни в чем не виновен (ст. 279 ТК РФ) и выплатить компенсации за все неотгулянные отпуска.
