ИМХО все зависит от устава организации и целей/способа/источника финансирования.
Если вам нужно делать отчет о расходовании денежных средств, то определите, какой отчет будет принят вашими спонсорами.
Если финансирование целевое, то нужно определить эти самые цели и решить сколько пойдет на фонд з/п.
Если финансирование осуществляете вы сами и отчитывать не перед кем, то хоть 100%