По крайней мере по уплате госпошлины оплатить через интернет можно уже почти год. Правда пока только по карточкам банка, с которыми у ФНС есть соглашение. Вот здесь этот сервис:А какой документ об оплате госпошлины в этом случае можно будет предоставить при регистрации?
https://service.nalog.ru/gp.do
Распечатываете то, что сообщает банк (приходит на е-mail).
В этом случае по номеру платежки налоговая сама знает прошла оплата или нет, использовалась ли эта платежка или не использовалась.
Более того, в пилотной эксплуатации работает аналогичный сервис по уплате налогов физическими лицами.
https://service.nalog.ru/prepay.do
Да и вообще советую ознакомиться со всеми сервисами, которая предоставляет ФНС (вдруг что-то новое для себя узнаете):
http://www.nalog.ru/el_usl/