Лично у меня в практике все очень индивидуально было, каждая налоговая по своему начисляет, кто-то по истечению времени штрафы не оплаченные скидывает, кто-то только приумножает. Вам нужно в территориальные органы по месту регистрации идти и общаться, можно по доверенности, но лучше конечно руководителю с бухгалтером. Скажут как лучше поступить им тоже висяки не нужны. Подготовите нули, оплатите просрочку по выданным квиткам, и все будет хорошо.