Здравствуйте.
Первое что бросается в глаза в этой ситуации - это огромный риск признания агентского договора трудовым. Ответственность по ст. 5.27 КоАП.
По поводу налогов читаем ст. 226 НК РФ:
Российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 настоящей статьи (все доходы налогоплательщика, источником которых является налоговый агент (за некоторыми исключениями), обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных настоящей статьей.
Следовательно, да, по агентскому договору организация, выплачивающая вознаграждение исполнительному директору, будет налоговым агентом со всеми вытекающими.