Почему не переходит? Ведь переходит часть прав и обязанностей на создание нового общества.
все очень просто, читайте п.п.3 п.13 ст.20 фз "О лицензировании отдельных видов деятельности":
Статья 20. Порядок приостановления, возобновления, прекращения действия лицензии и аннулирования лицензии
13. Действие лицензии прекращается в связи с прекращением вида деятельности лицензиата, на который предоставлена лицензия, в следующих случаях:
3) прекращение деятельности юридического лица в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей (за исключением реорганизации в форме преобразования или слияния при наличии на дату государственной регистрации правопреемника реорганизованных юридических лиц у каждого участвующего в слиянии юридического лица лицензии на один и тот же вид деятельности);