Я бы в описанной ситуации поступил следующим образом: подробно описал бы сложившуюся ситуацию в письме, приложил бы к письму заявление об увольнении, копию уведомления участников с квитанцией об отправке, копию трудовой книжки и направил бы ценным письмом (с описью вложения) в регистрирующий орган, территориальный налоговый орган, а так же в ПФ и ФСС. Сведения из ЕГРЮЛ это не исключит, но на руках будут хоть какие-то доказательства, что директором не являетесь и, что регистрирующему органу, территориальному налоговому органу, ПФ и ФСС об этом известно.