Нужно смотреть текст согласия, то есть на что именно оно было выдано. Предполагаю, что, возможно, была фраза наподобие такой: "... на использование наименования ........ в наименовании вновь создаваемой некоммерческой организации .... ".
Считаю, что в данном случае согласие можно отозвать и потребовать изменения наименования от НП в части исключения из него наименования образовательной организации. Если не удастся урегулировать дело мирным путем возможны разбирательства в суде.