Для подключения к Контуру и им подобным наличие или отсутствие СНИЛС у Генерального директора не является ключевым моментом. Так как подключается не Руководитель, а Организация по номеру ИНН.
А Руководитель (он же Генеральный директор без СНИЛС) является лишь уполномоченным лицом на которое оформляется ЭЦП (электронно-цифровая подпись), которой подписывается передаваемая в ИФНС, внебюджетные фонды и Госкомстат по электронным каналам связи сдаваемая отчетность.
Поэтому при отсутствии СНИЛС в заполняемом поле проставляются нули, как пояснили на линии консультации 1С.