Если у человека имеется правильно оформленная доверенность, то он имеет право совершать те сделки, на которые уполномочен. Это ГК.
С точки зрения бухучета если первичка составляется по унифицированным формам, то все реквизиты должны быть заполнены. На многой первичке есть реквизит м.п. который недвусмысленно означает "место печати". Не уточнено, какой именно печати. Соответственно, в идеале в этом месте должна стоять печать (штамп) организации (заказчика или исполнителя, продавца или покупателя, в зависимости от того, чья сторона подписывает по доверенности).
Однако, как правильно заметили вышеговорящие, мало кто из представителей по доверенности (поверенных) таскают с собой печати, поэтому сложился следующий обычай делового оборота (принимаемый и одобряемый налоговиками). Если подписывает гендиректор - он заверяет свою подпись печатью, как лицо, имеющее право действовать без доверенности и хранитель печати. Если подписывает поверенный, то он ставит только подпись и передает оригинал правильно оформленной доверенности, на которой уже имеется печать и подпись гендиректора. Такая методика оформления документов принята во всей цивилизованной России и принимается налоговиками.
Как известно, счета-фактуры не содержат реквизита м.п., поэтому их можно просто подписать, однако, налоговики требуют документы, подтверждающие полномочия подписавших лиц (или хотя бы штамп с реквизитами приказа). Требование незаконное, отспариваемое в суде, однако, если его выполнить, то проблем вообще не будет.