отчего же тогда Вы не цитируете и другие пункты?
Например:
3. Положения Гражданского кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона) применяются к правоотношениям, возникшим после дня вступления в силу настоящего Федерального закона. По правоотношениям, возникшим до дня вступления в силу настоящего Федерального закона, положения Гражданского кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона) применяются к тем правам и обязанностям, которые возникнут после дня вступления в силу настоящего Федерального закона, если иное не предусмотрено настоящей статьей.
Это так, к слову.
Вы с упорством игнорируете тот факт, что помимо несчастных ЧУ с со-учредителями, 99-ФЗ затронул еще кучу других ОПФ, которым и адресован цитируемый Вами пункт. Вывод сделан из того, что если бы он был среди прочих адресован и ЧУ, то какая необходимость была бы в отдельной регламентации в п. 16? Да еще и при том, что законодатель прекрасно понимает, что ЧУ не основано на членстве, выйти из состава Учредителей невозможно, в ЧУ отношения Учреждения и Учредителя завязаны на собственности, а значит при соучредительстве у Учредителей общая долевая и т.п. т.д.