В соответствии с пунктом 79 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57, при проверке соблюдения налогоплательщиком срока на обращение в суд с иском о возврате излишне уплаченных сумм налога, пеней, штрафа судам необходимо учитывать, что пунктом 7 статьи 78 НК РФ определены продолжительность и порядок исчисления срока для подачи соответствующего заявления в налоговый орган.
В то же время применительно к пункту 3 статьи 79 Кодекса с иском в суд налогоплательщик вправе обратиться в течение трех лет считая со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права на своевременный зачет или возврат указанных сумм.
Согласно Постановлению Президиума ВАС РФ от 25.02.2009 N 12882/08, в случае пропуска срока на подачу заявления в налоговый орган, налогоплательщик вправе обратиться непосредственно в суд с иском о возврате из бюджета суммы излишне уплаченного налога в порядке арбитражного судопроизводства в течение трех лет со дня, когда он узнал или должен был узнать об этом факте. Моментом, когда налогоплательщик узнал о факте излишней уплаты налога, не может считаться момент совершения им действий по корректировке своего налогового обязательства и представлению уточненной налоговой декларации. Вопрос определения времени, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать об излишней уплате налога, надлежит разрешать с учетом оценки совокупности всех имеющих значение для дела обстоятельств, в частности установить причину, по которой налогоплательщик допустил переплату налога; наличие у него возможности для правильного исчисления налога по данным первоначальной налоговой декларации, изменения действующего законодательства в течение рассматриваемого налогового периода, а также другие обстоятельства, которые могут быть признаны судом в качестве достаточных для признания непропущенным срока на возврат налога.