Не буду вдаваться в работу комплекса, который установлен у регорганов, скажу только, что для регистрационного действия не требуется должность заявителя, достаточно, чтобы подпись была оформлена на него (ФЛ) по этой организации и он (как ФЛ) находился в ЕГРЮЛ в качестве лица, действующего без доверенности (это я для случая, когда одно и то же ФЛ превращается из директора в ликвидатора).
Иными словами, не важно что будет в ЭЦП написано - президент, всевышний, жестокий повелитель, создатель, директор и т.д., главное наименование самого ФЛ.
Отчасти соглашусь с тем, что программные комплексы ФНС не проверяют параметр "должность". Например, Вы спокойно зайдете в "Личный кабинет налогоплательщика юридического лица" с ЭЦП хоть директора, хоть ликвидатора, хоть падишаха управляющей организации независимо от того, какая должность значится в этот момент в ЕГРЮЛ.
Другое дело, это не означает, что в ЭЦП в параметре "должность" (title), она же строка Т= в разделе Субъект, может быть написано что угодно.
Приложение
к приказу ФСБ РФ
от 27 декабря 2011♫г. N♫795
Требования к форме квалифицированного сертификата ключа проверки электронной подписи
17. Стандартные атрибуты имени описаны в справочнике выбранных типов атрибутов*(5). При описании формы квалифицированного сертификата используются следующие стандартные атрибуты имени:
...
10) title (должность).
В качестве значения данного атрибута имени следует использовать текстовую строку, содержащую наименование должности лица. Объектный идентификатор типа атрибута title имеет вид 2.5.4.12.