Необходимо зарегистрировать новую компанию, но у учредителя есть другая компания, у которой недостоверность сведений в ЕГРЮЛ, будет ли отказ по новой регистрации?
А другая компания ООО или АО? Если ООО и доля 50 % и более, то будет отказ по пп. ф п. 1 ст. 23 Закона о госрегистрации:
"1. Отказ в государственной регистрации допускается в случае, если в регистрирующий орган представлены документы для включения сведений об учредителе (участнике) юридического лица либо о лице, имеющем право без доверенности действовать от имени юридического лица, в отношении одного из следующих лиц:
являющихся участниками общества с ограниченной ответственностью, владеющими не менее чем пятьюдесятью процентами голосов от общего количества голосов участников данного общества с ограниченной ответственностью, в отношении которого в едином государственном реестре юридических лиц содержится запись о недостоверности сведений о юридическом лице, предусмотренных подпунктом "в" или "л" пункта 1 статьи 5 настоящего Федерального закона, либо имеется неисполненное решение суда о ликвидации указанного юридического лица, за исключением случая, когда на момент представления документов в регистрирующий орган истекли три года с момента внесения соответствующей записи в единый государственный реестр юридических лиц;"
Соответственно, об АО речи нет. Если Ваш учредитель является акционером АО, в котором есть недостоверность, то формально такой отказ будет незаконным.