Задавал тот же вопрос в Российском Минюсте, сказали, что им всё равно, можно с двух сторон печатать.
Документы пока не подавали, как на практике - не знаю.
В ЕГРЮЛ юрлицо регистрирует налоговая, которая для ООО доки на одной стороне не пропускает. Но с Минюстом у нее особые отношения, могут от него и пропускать.
А, с другой стороны, зачем Минюсту врать?