С чем конкретно не согласны и почему?
Никаким нарушением наличие у счетов-фактур одинаковых номеров в разных налоговых периодах не является и о необоснованности вычетов не свидетельствует. Полно разъяснений Минфина и судебной практики по всей этой нумерации.
Постановление Четвертого арбитражного апелляционного суда от 13 февраля 2019 г. N 04АП-2647/18
Номер и дата составления счета-фактуры относятся к обязательным реквизитам счета-фактуры, однако Налоговый кодекс Российской Федерации не устанавливает требования, по которым следует нумеровать счета-фактуры.
....
Учитывая, что порядок присвоения номеров разрабатывается организацией самостоятельно и утверждается его в учетной политике для целей налогообложения, то присваивать счетам-фактурам номера можно с начала каждого месяца или даже каждый день.
Насчет "бельма для налоговой" - притянуто за уши. Ладно б речь шла, когда в одном квартале имеются номера 27, Н-6715 и 000527/2 (вот тут книгу продаж явно собирали из счетов-фактур, которые для "продавца" дали "покупатели").
Вы так договоритесь до того, что порядковые номера вообще никогда (в том числе в разных календарных годах) не должны совпадать, ибо это жутко подозрительно.
Для налоговой имеется много других, более очевидных "бельм".
П.С. Кстати, автор, счета-фактуры, за которые Вы так сильно переживаете - липовая липа от "помойки"?