можно и по ЭЦП подать, смотря от кого возражение, если от Юр лица, то можно по ЭЦП этого Юр. лица, либо заверить форму нотариально и потом подать через нотариуса либо лично или по почте. Если от физ лица, то по ЭЦП физ лица, а вот если лично физ лицо подает в налоговую, то скорее всего не нужно заверять нотариально