налоговая все правильно делает, т.к. не обязана проверять тождественность наименований
читаем часть 4 ГК РФ ст. 1474
3. Не допускается использование юридическим лицом фирменного наименования, тождественного фирменному наименованию другого юридического лица или сходного с ним до степени смешения, если указанные юридические лица осуществляют аналогичную деятельность и фирменное наименование второго юридического лица было включено в единый государственный реестр юридических лиц ранее, чем фирменное наименование первого юридического лица.
4. Юридическое лицо, нарушившее правила пункта 3 настоящей статьи, обязано по требованию правообладателя прекратить использование фирменного наименования, тождественного фирменному наименованию правообладателя или сходного с ним до степени смешения, в отношении видов деятельности, аналогичных видам деятельности, осуществляемым правообладателем, и возместить правообладателю причиненные убытки.
ст. 1475
2. Исключительное право на фирменное наименование возникает со дня государственной регистрации юридического лица и прекращается в момент исключения фирменного наименования из единого государственного реестра юридических лиц в связи с прекращением юридического лица либо изменением его фирменного наименования.