Давайте рассуждать так: УФК не знает и НЕ ДОЛЖНО ЗНАТЬ обращались ли Вы в соответствующий орган (налоговая, УФРС, суд) за совершением юридически значимых действий. Поэтому логично, что первичное обращение должно быть именно в 15 МИ ФНС (или 46 если Москва), которая должна выдать справку на возврат госпошлины.
Как это делается в УФРС (в Москве вроде "Росрегистрация" называется) не знаю точно:
В справочном окошке берется форма заявления на возврат госпошлины. Заявление должно быть на бланке и подписи ген.дира и глав. буха, написать за что хотели заплатить. К заявлению прикладываются подлинники платежных поручений. Дальнейшая процедура в точном соответствии с Налоговым Кодексом (статьи про возврат госпошлины).