Не думаю, что это произойдет автоматически - ведь при реорганизации изменились ОГРН и ИНН бывшего ЗАО (а теперь ООО). Кроме того, налоговые разные. ООО в 46, а ЮЛ, в котором ЗАО было участником - в Московской области

.
у нас была замена Участника в ОООшке в связи с присоединением ООО1 к ООО2, ну и соответственно прекращением ООО1, подавали в МИФНС 46:
1. 14001
2. Решение оставшегося участника ООО о даче согласия на переход доли на основании договора о присоединении и передаточного акта, о включении ООО2 в состав участников (после принятия решения податься нужно в течение 3х дней)
3. нотариальные копии договора о присоединении, передаточного акта, свидетельства о прекращении ООО1, свидетельство о реорганизации ООО2.
У нас прошло, но это присоединение и Москва.