Т.к. налоговая регистрирует не сделки с капиталом ООО, а записи вносимые в ЕГРЮЛ и изменения в учредительные документы, то такая регистрация возможна поскольку договор подписывал дееспособный субъект правоотношений. С другой стороны для третьих лиц, т.е. всех кроме участников, покойный является участником ООО. Сам договор срока давности не имеет, однако у налоговой могут появится вопросы по поводу того, почему участник, купивший доли не принял реение о внесении изменений в учредительые документы и не обратился в рег.орган.
Подаете 13, 14 форму и сопроводительное письмо с указанием на обстоятельства с покойником (т.к. налоговая отслеживает "мертвые" паспорта) и копию свидетельства о смерти из органов ЗАГС, кроме того проверьте не поменялись ли у остольных участников паспортные данные, если поменялись, то сначала надо внести изменения в реестр по паспотным данным и по покойнику, а затем зарегистрировать переход всех долей к одному участнику.