Вопрос интересный, т.к. распоряжение заложенным имуществом осуществляется только при наличии согласия залогодержателя.
Думаю, что при существующем положении дел зарегистрировать залог доли в ООО в чистом виде не представляется возможным.
Поэтому остается только возможность уведомить регорган о том, что доля находится в залоге. Можно написать письмо от ГД общества, доля которого заложена с требованием не регистрировать изменения связанные с отчуждением указанной доли без письменного согласия залогодержателя на период действия договора залога. К письму приложить нот. копию договора залога.