Хм... Даже и не подумал, что про АПК надо упоминать...
Повторюсь, обществу побоку сколько у него участников, один или 50. В части общества можно сказать только то, что у него будут недостоверные сведения в ЕГРЮЛ. Участник по документам вышел, а в реестре он значится - недостоверные сведения + по реестру все доли у участников, а по бумагам, доля вышедшего уже у общества должна быть. Но, это дело десятое.
Основное - нарушенное право участника на выход из общества в любое время без какого-либо согласия других участников или общества. Доля участника перешла к обществу с даты получения обществом заявления участника общества о выходе из общества (п. 7 ст. 23 Закона об ООО). А по реестру он еще является участником общества, значит несет обязанности участника + ответственность участника общества.
В этой схеме есть ряд преимуществ:
1. Против налоговой сразу два лица - обиженный участник, которого не вывели и общества. Они оба будут дудеть в одну трубу: участник - хотел выйти, заявление написал, в общество отдал, отказали - не по закону, нарушили мои права; общество - документы получили, участником не считаем, долю выплатили, налоговая изменения не зарегистрировала, недостоверные сведения в реестре, органы управления (ОСУ) общества не могут функционировать.
2. Размер госпошлины для гражданина - 200 р. для юрлица - 2000 р.
Хотя, можно и от общества подать заявление. На мой взгляд и из личной практики мне мой вариант удобней. А там, дело вкуса и техники. Важен конечный результат по делу.