Если гражданин РФ не меняя гражданства выбывает на длительный срок пребывания на территорию другой страны, он должен обратиться в посольство РФ на территории данной страны и встать там на консульский учет. Там же ему выдадут как гражданину РФ загран паспорт с отметкой о месте пребывании на территории данной страны.
По крайней мере у меня проходили как учредители юр. лиц граждане РФ с иностранными паспортами, выданными посольством РФ и состоящие на консульском учете в стране пребывания. Ведь их гражданских прав никто не лишал и они имеют право учреждать Общества.
С ИП все иначе. Если ваш товарищ выбыл в Белоруссию на длительный срок (о чем видимо и свидетельствует отметка в паспорте), то он должен оформить документы по месту пребывания в Белорусии и а какой регистрации в качестве ИП на территоии РФ может быть речь, если она производиься по месту жительства.