Вопрос так и остался открытым.
ЦРО, имеющие в своем составе местные религиозные организации на территории одного субъекта регистрируются в Управлении Министерства юстиции по данному субъекту (об этом прямо говорит закон "О свободе совести и религиозных объединениях", п. 2 ст. 11)
Если ЦРО имеет местные религиозные организации на территории двух и более субъектов РФ, то решение о государственной регистрации принимает федеральный орган государственной регистрации (п. 3 ст. 11 указанного Закона), то есть, видимо, Министерство юстиции РФ.
До Департамента МинЮста РФ по делам некоммерческих организаций не получается дозвониться, так что как практически это все осуществляется, описать не могу.
Если кто сталкивался, поделитесь, плз, опытом.