Сначала получить решение суда, признающее фонд подлежащим ликвидации. Устанавливается срок, за который фонд должен быть ликвидирован, а также назначается ликвидационная комиссия (ликвидатор). В случае, если у фонда нет какого-либо имущества, обязательств перед третьими лицами, задолженностей по налогам, то суд может сразу принять решение о его ликвидации и, соответственно, об исключении сведений о нем из Единого государственного реестра юридических лиц. На основании этого решения регистрирующий орган издает соответствующее распоряжение, а налоговый орган впоследствии исключает фонд из ЕГРЮЛ. В этом случае процедура ликвидации фонда не требует назначения ликвидационной комиссии и не является длительной.
В случае, если суд назначает ликвидационную комиссию, то в регистрирующий орган необходимо представить требуемый ими для данной процедуры пакет документов. Фонд будет считаться ликвидированным только с момента внесения записи об этом в ЕГРЮЛ.