Так отказ, судя по всему, из-за не указания электронной почты в форме при подаче с помощью ЭЦП, все закономерно =/

Можно попробовать запросить у собственника два гарантийных письма: одно для 46 ИФНС, другое для вашей, территориальной. С этими 2-мя письмами идете в территориальную, сдаете письмо в территориальную, а на втором (которое в 46 ИФНС) пусть ставят отметку о получении. И сдаете комплект документов с данным гарантийным письмо в 46

в территориальную

затрудняюсь ответить, но скорее всего необходимо заново подаваться, хотя с другой стороны время на уведомление кредиторов уже прошло

Третий вариант, только вчера был на консультации в налоговой и стоявшая передо мной женщина интересовалась точно таким же вопросом, на что эксперт ей рекомендовал сделать по третьему сценарию