Так в итоге, чем все закончилось? Как ситуацию разрешили?

Обжаловать стоит обязательно! Т.к., в Законе сказано: "...имевших на момент исключения юридического лица... право без доверенности действовать от имени такого юридического лица...". Т.е., УО была уже исключена, еще до момента исключения управляемой организации. В последнее время регорганы выдают желаемое за действительное. Да могли и просто не вникнуть в суть. Как законы пишут - с первого ...