Изменений нет, нужно использовать ОКВЭД ОК 029-2001 (КДЕС редакции 1). Посмотрите здесь http://regforum.ru/okved/

Так вот эта галочка должна быть если вы приводите Устав в соответствие с ФЗ от 30.12.2008 №312-ФЗ, в противном случае её быть не должно

Скорее всего дело в галочке на первой странице формы, но не зная что конкретно вы делали советы давать трудно...

Из вашего вопроса не совсем понятно заместитель фигурирует в выписке тоже, или просто в штатном расписании? Вносить изменения в ЕГР по поводу лиц с правом первой подписи можно формой Р14001. Если у вас два лица с правом первой подписи - то снять полномочия со старого директора и заместителя и возложить полномочия на нового.

Обжалуйте отказ, мы уже несколько обжалований делали в разные налоговые, все - в нашу пользу. Ещё можно воспользоваться Требованиями к оформлению электронных документов, направляемых в регистрирующий орган в Приказе ФНС России от 12.08.2011 N ЯК-7-6/489@ (ред. от 24.12.2015) :  А у вас как раз наличие квалифицированной ЭЦП заявителя, потому нотариус не нужен.  

Оспаривали такой отказ, было положительное решение в нашу пользу. Дословно:

Дословно из решения ИФНС: "Из положений подпункта «л» пункта 1 и пункта 5 статьи 5, пунктов 1.2 и 1.3 статьи 9 Федерального закона от 8 августа 2001 г. № 129-ФЗ следует, что при изменении сведений о лице, имеющем право без доверенности действовать от имени юридического лица, заявителем является новый руководитель юридического лица. При этом из удостоверительной надписи, совершаемой при свидете...

Поскольку при смене адреса, выходе участника и смене директора заполняются разные листы формы, то и нет никаких ограничений, подавайте одной формой 14001, только правильно протокол оформите. затем вторым этапом подадите форму 13001 уже другом регионе.

Если смена адреса не затрагивает ваш Устав, то можете, в противном случае необходимо ещё 13001 форму.

Хотелось бы выдержку из законодательства про "второстепенность" документов на бумажных носителях...