В судебном порядке. Обжаловать отказ в регистрации.?При бездействии наследников (не получают свидетельство на долю, хотя в наследство вступили) изменения состава участников не зарегистрируешь так, как это предусмотрено законом.

Если вы знаете, кто наследники, можно попробовать в судебном порядке внести в егрюл информацию о них как об участниках ооо. Потом вы можете их исключить. Довольно длинно, но вполне  законно, и можно обойтись без их участия.