Не подавая форму 6-НДФЛ компания налетает на штрафы. Ежеквартально. Да, конечно, возможно компания не попадет под проверку и об этом никто не узнает никогда, но принимая подобные решения, нужно располагать полной информацией о возможных последствиях.

В связи с новыми правилами учета сумм налога с экономии на процентах я бы поостереглась советовать беспроцентный займ. С 2016 года НДФЛ с этих сумм уплачивается ежемесячно.