Ерунду говорят, эти формы можно даже от руки заполнять - черной ручкой.
Скачать формы в формате tiff - и вперед заполнять печатными буквами.
А программа эта с сайта ФНС (которая пока очень слабо работает) - только помогает заполнять клеточки. На дискетах Заявления в формате xml еще не скоро принимать будут, такого пока в законодательстве нет.
Очень советую почитать Требования по заполнению формы Р14001, очень опасно работать с формами, не ознакомившись с основным документом по их заполнению. В Требованиях есть прямой ответ на этот вопрос, кроме того, я на него уже отвечала выше)