Для убеждения нотариуса к договору можно приложить, например, расписку, что расчеты произведены полностью, и извещение общества участником о продаже доли. Нотариусы нормально это принимают, тем более срок уже большой

Договор купли-продажи доли в простой письменной форме был тогда, если уставом не была предусмотрена нотариальная форма (обычно не была), в общество направлялось извещение с копией договора. Увеличение конечно было, но для целей смены участников не использовалось

Был такой опыт в Москве. Делала изменения в договоре, утверждала их участниками обоих обществ, подтверждала новым участником присоединяемого ранее принятое решение о реорганизации. В вестник объявление не подавала, ничего из указанного в объявлении у меня не менялось. Если будете все-таки подавать доп. объявление, то надо ждать 30 дней, хотя может в Питере ИФНС легче к этому относятся. Последний э...

Если нотариус не заверяет форму сразу и на управляющего долей и на нового директора, то я  бы провела в два этапа: вначале 14 на доверительного управляющего (лист Д), потом 14 на нового директора, которого назначит этот управляющий (лист К). Или найти нотариуса, который заверит все это в одной форме: два листа Д (на старого участника и на управляющего долей) и два листа К (на старого и нового дире...

В шапке устава вы можете просто написать:"Утверждено решением внеочередного общего собрания участников Протокол № ___ от ________ г", наименование общества писать не обязательно. В протоколе можно писать: "утвердить новую редакцию устава". И так понятно к какому обществу все это относится.

хотела бы добавить, что вместо листа записи о начале процедуры реорганизации можно представить копию выписки из ЕГРЮЛ, содержащей запись о начале реорганизации (если, например, лист записи не получен в ИФНС), а вместо решения/протокола о назначении руководителя можно представить приказ о вступлении в должность