Налоговая не требует.
Возможно вам попался неграмотный специалист Минюста, который еще не знаком с новыми формами. Попробуйте позвонить еще раз напрямую специалистам.
Вопросы по программе лучше задавать сюда:
Программа формирования документов, используемых при государственной регистрации ("ФДГР") с 04.07.2013
Что вы имеете ввиду под "вторым" штрихкодом? Если двухмерный код, то он не обязателен для указания в форме. Но если указываете, то должны знать, что двухмерный штрихкод ГЕНЕРИРУЕТСЯ по каждому заявлению отдельно и содержит в себе данные, указанные в заявлении. Двухмерный штрихкод нельзя просто копировать из декларации в декларацию.