Анна, никак не быть. Это нарушение влечет за собой штраф гораздо меньший, чем за непередачу реестра. Рег.орган может оштрафовать, нужно быть к этому готовыми.
Заявление на патент вы можете подать в любой момент, если вы на УСН. Даже через 3-4 месяца. А вот на УСН нужно перейти в течение месяца с момента регистрации.