Наверное, бывает, и так... Налоговая иногда видит налогоплательщика в базе и он ее не устраивает..., например, по уплате налогов или по убыткам,   и тогда возникает такие препоны. Тут только вышестоящая может вмешаться.

Вам нужно было при подаче заявления на новый адрес продублировать  документы, подтверждающие обоснованность адреса ( договор аренды, свидетельство о собственности, согласие арендодателя) с письмом  в налоговую инспекцию по месту нахождения нового адреса.Но и при этом мог быть отказ. Потому что нужно представителю лично идти в налоговую и объясняться. У вас уже есть отказ -  если вы не хотите затяг...

это касается только госорганов? а нотариусы, банки, регистраторы?  к ним все же нужна будет выписка?