1) в качестве заявителя руководитель реорганизуемого  ЗАО (Ген директор, директор) 2) Устав вообще не сшиваем

Так 12001 и не предусматривает смену Ген директора...... Там только есть сведения о нем, а графа о том, кто ушел и пришел отсутствует. Смена директора и реорганизация это две отдельные формы, и лучше при отсутствии опыта, подавать их последовательно. И не забудьте про трехдневный срок на подачу и при смене директора и при начале процедуры реорганизации

Протокол вообще можно не прикладывать никакой, почитайте закон о гос регистрации юр лиц. И имейте в виду, что существует трехдневный срок на подачу заявления о смене директора, т. е заверили форму, и не прикладывая протокол в трехдневный срок пошли сдавать форму. Если Вы прилагете протокол, то трехдневный срок начинает течь с даты протокола, и при пропуске, налоговая Вас штрафует на пять тысяч руб...

гораздо проще на сайте налоговой https://service.nalog.ru/inn.do

Я бы еще от каждого юр лица по протоколу (либо решению) приложила и разделила на два пакета

Интересно, а как вы планируете акции к долям присоединять??? Это все равно, что к апельсинам прибавить арбузы и спросить сколько яблок получилось. А вообще, наверное правильно присоединять юр лица с одной и той же организационно правовой формой.

А потом подает документы основное, к которому все присоединяются форма 13001

а еще классификатор стран ОКСМ  и классификатор ОКВЭД, действующий до 01 января 2015 года, (с нового года в соответствии с Письмом Федеральной налоговой службы от 7 августа 2014 г. № НД-3-14/2624 Об использовании кодов ОКВЭД в Едином государственном реестре юридических лиц будет другой классификатор) http://migrakvota.gov.ru/index.php?mod=class_show там еще есть  Классификатор организационно-право...

Я тоже с 46ой нормально работаю

Главное, чтобы и налоговая тоже это пропускала