Доброе утро! Знаете, у меня давно была похожая в чем-то ситуация. И общая суть была, что территориальная налоговая и регистрирующий орган отфутболивали нас друг к другу. А проблема по сути была в базе налоговых, которую обычный налогоплательщик решить не в состоянии. Мне помогла жалоба в ФНС России. После неё все технические проблемы на местах очень быстро решились, и наш филиал сняли с учета. Поэтому и Вам бы посоветовал туда обратиться.
Но сначала (для убедительности) я бы попробовал подать по ЭЦП заявление по форме Р13014 о прекращении филиала (как подсказал коллега выше). Нарушением это точно не будет. В худшем случае Регорган откажет, мотивируя, что в ЕГРЮЛ филиала нет. Зато появится точно основание идти жаловаться.
И если будет отказ, то с двумя бумажками (ответ от территории и отказ от регоргана) обращаться в центральный аппарат в ФНС.
